Prodi kedokteran telah melakukan kerjasama dengan puskesmas, rumah sakit, lembaga pemerintah baik dalam dan luar negeri, kalangan perguruantinggi, instansi atau dinas pemerintah, industri. Kerjasama tersebut diharapkan dapat membantu dan memfasilitasi mahasiswa dalam proses pembelajaran. Fakultas Kedokteran UNY bekerjasama dengan beberapa pihak, antara lain :

1. Rumah Sakit Pendidikan Utama: RS panembahan Senopati Bantul (https://rsudps.bantulkab.go.id/)
2. Rumah Sakit Satelit: RS Prambanan (https://rsudprambanan.slemankab.go.id/ )
3. Rumah Sakit Pendidikan Afiliasi: RSJ Dr. Soerojo Magelang (https://soerojohospital.co.id/) & RS Bhayangkara Polda DIY (https://rsbhayangkarajogja.com/)
4. Wahana Pendidikan: Puskesmas Depok III (https://pkmdepok3.slemankab.go.id/), Puskesmas Kalasan (https://pkmkalasan.slemankab.go.id/), Puskesmas Pajangan  (https://pusk-pajangan.bantulkab.go.id/), Komite Olahraga Nasional Indonesia (KONI) DIY (https://koni.jogjakota.go.id/), National Paralympic Committee (NPC) DIY, Jogja Sports Clinic (JSC)