Kolaborasi antara Fakultas Kedokteran merupakan salah satu kunci dalam mewujudkan pendidikan kedokteran yang unggul dan berkualitas. Salah satu kolaborasi yang perlu dilakukan adalah kerjasama dengan Fakultas Kedokteran yang tergabung dalam Lembaga Pendidikan Tinggi Kependidikan (LPTK). Dalam rangka mewujudkan hal tersebut, Fakultas Kedokteran UNY menghadiri kegiatan Forum Dekan Fakultas Kedokteran LPTK yang diselenggarakan oleh Fakultas Kedokteran Universitas Negeri Surabaya pada tanggal 8 Oktober 2024 di Hotel Westin Surabaya. Pada forum tersebut FK UNY diwakili oleh dr. Kartika Ratna Pertiwi, M.Biomed.Sc., PhD. selaku dekan dan Dr. dr. Atien Nur Chamidah, M.Dis.St. selaku wakil dekan bidang akademik dan kemahasiswaan.

Pada forum tersebut didiskusikan tentang perlunya kerjasama antar Fakultas Kedokteran yang berada di naungan LPTK karena sebagian besar merupakan fakultas yang baru berdiri. Berbagai kerjasama yang tercakup dalam Tri Dharma Perguruan Tinggi akan diwujudukan termasuk persiapan untuk akreditasi pertama bagi Program Studi Kedokteran. Pada kesempatan ini juga dilakukan penandatangan dokumen Perjanjian Kerjasama  (PKS) yang diikuti oleh 9 institusi yaitu Universitas Negeri Yogyakarta (UNY), Universitas Negeri Surabaya (UNESA), Universitas Negeri Semarang (UNNES), Universitas Negeri Malang (UM), Universitas Negeri Padang (UNP), Universitas Pendidikan Indonesia (UPI), Universitas Negeri Makasar (UNM), Universitas Negeri Gorontalo (UNG), dan Universitas Pendidikan Ganesha (UNDIKSHA). Selain itu, peserta forum juga menyepakati terbentuknya Asosiasi Kedokteran LPTK Indonesia (AKLI) yang diketuai oleh Dekan FK UNESA.